조세심판원이 지방자치단체와 회생기업 간의 385억원대 조세분쟁에서 기업 측 손을 들어줬다. 올해 초부터 법원에서 회생인가 결정을 받은 기업들에 대해 등록면허세(이하 등록세)를 비과세하는 내용의 법이 시행됐는데도 끝까지 세금부과를 고집한 지자체에게 전액 취소 결정을 내린 것이다.

20일 법조계와 산업계에 따르면 조세심판원은 지난 13일 경상남도가 경남 창원시 중견 조선업체 A사에 부과한 등록세 총 385억원의 처분을 취소하라고 결정했다. 경남도는 지난해 9월 '2016년 회생기업 인가결정을 받은 A사가 당시 등록세를 내지 않았다'며 등록세 214억원과 가산세 171억원 등 총 385억원을 부과했다. 이는 단일기업에 부과된 등록세 중 최고액인 것으로 알려졌다.

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지난해 회생 기업에 부과된 등록세 관련 지방세법·채무자회생법 충돌로 세금폭탄 논란이 불거지자, 국회는 관련법을 개정해 올해 1월1일부터 등록세를 비과세로 전환했다. 개정 당시 △회생절차가 진행 중이거나 △회생계획을 수행 중인 경우도 비과세가 적용될 수 있도록 부칙을 만들어 소급 적용했다.

A사는 회생절차를 마친 후 법원으로부터 인가받은 회생계획에 따라 채권자들에게 회생채권을 변제 중으로 개정법에 따른 소급적용 대상이라고 주장했지만 경남도는 법 개정 자체를 수용할 수 없다며 과세처분을 고수했다.

이에 대해 조세심판원은 "A사는 2016년부터 10년 동안 채무를 분할해 상환하고 있고 현재도 잔존 채무액이 남아있어 계속 변제하는 것에 비춰 회생계획을 수행 중인 법인에 해당해 등록세 비과세 대상으로 봄이 타당하다"며 "A사에 등록세를 부과한 처분은 잘못이 있다"고 밝혔다.

처분청은 심판결정에 불복할 수 없기 때문에 A사가 지난해 10월 심판을 청구한 지 8개월 만에 분쟁이 마무리됐다.

이번 결정으로 등록세 관련 경남도와 분쟁을 벌이고 있는 다른 기업들에 대한 부과처분도 취소될 전망이다.

경남에 위치한 또 다른 중견기업 B사도 A사와 같은 이유로 지난해 초 등록세 36억원, 가산세 26억원 등 총 62억원을 부과받은 후 경남도와 조세분쟁을 벌여 지난해 말 조세심판원에서 가산세부과 취소 결정을 받았다. 법 개정 이전에 채무자회생법과 지방세법 충돌 사정을 고려해 가산세 부과처분은 위법하지만 등록세 처분은 적법하다는 판단이었다. 이후 B사는 지난 1월 등록세를 전액 납부하고 개정법에 따라 이를 취소해달라는 행정소송을 제기한 상황이다.

A사에 대한 부과처분을 취소하라는 결정이 나온 만큼 경남도가 B사로부터 받은 등록세를 돌려주면 B사가 소송을 취하하는 식으로 분쟁이 마무리될 것으로 보인다.


한편 '회생기업 세금폭탄' 논란은 9년 전으로 거슬러 올라간다. 2015년 지방세법 개정 당시 '법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기'를 비과세에서 제외한다는 단서 조항이 신설됐다. 개정되기 전 지방세법은 법원으로부터 회생인가를 받은 기업의 등록세를 비과세하도록 규정했다. 이에 따라 2005년 제정 당시부터 촉탁등기의 등록세를 비과세로 규정한 채무자회생법과 충돌이 발생했다.

문제는 지자체에서 2021년 무렵부터 지난해까지 뒤늦게 이 지방세법 개정을 근거로 회생기업에 등록세를 무더기로 과세하면서 불거졌다. 회생기업 입장에선 등기 당시 등록세와 관련한 어떤 고지도 받지 못하다 수년이 흘러 지자체로부터 예상치 못한 세금에 지연이자가 납부해야 하는 일이 발생하게 된 것이다. 2015년부터 지난해 말까지 등록세로 약 1000억이 부과된 것으로 알려졌다.

머니투데이는 이 같은 사실과 관련해 지난해 3월 4차례에 걸쳐 문제점을 지적하는 기사를 보도했고, 법무부와 행안부는 문제가 된 지방세법을 다시 개정해 법인회생 절차에서 모든 촉탁등기에 대한 등록세를 비과세로 바꿨다.

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